Fernando Alonso start de Grand Prix van Maleisië vanaf pole-position. In de tweede kwalificatie behield hij zijn voorsprong op Jarno Trulli. Als derde start Fisichella, Mark Webber klom op naar plek vier. Kimi Raikkonen zakte terug naar de zesde plek, terwijl de Red Bull-rijders zich verbeterden: Klien zevende, Coulthard achtste. Michael Schumacher zakte terug naar de dertiende plek, achter Barrichello. Christijan Albers bleef twintigste en laatste.